El Laboratorio de Piscicultura y Patología Acuática (LPPA) es dirigido por el Dr. Ariel Valenzuela.
El Laboratorio de Estudios Algales (AlgaLAB) es dirigido por el Dr. Erasmo Macaya.
El Laboratorio de Biotecnología y Genómica Acuícola (LBGA) es dirigido por el Dr. Cristian Gallardo.
El Laboratorio de Procesos Oceanográficos y Clima (PROFC) es un grupo de investigación dedicado al estudio científico del océano y de su relación con el clima. Fue creado en 1997.
La Unidad de Tecnología Pesquera (UNITEP) es dirigida por el Dr. Hugo Arancibia.
El Laboratorio de Geoquímica Orgánica Marina (GOM) es dirigido por el Dr. Silvio Pantoja. Encargada: Lilian Núñez.
El Laboratorio de Oceanografía Pesquera y Ecología Larval (LOPEL) es dirigido por el Dr. Leonardo Castro.
El Laboratorio de Genética y Acuicultura es dirigido por el Dr. Ricardo Galleguillos.
El Laboratorio de Oceanografía Química (LOQ) es dirigido por el Dr. Marco Salmanca.
El Programa de Investigación Marina de Excelencia (PIMEX) es dirigido por el Dr. Renato Quiñones.
El Laboratorio Evaluación de Poblaciones Marinas (EPOMAR) es dirigido por el Dr. Luis Cubillos.
El Grupo de Estudio en Ecología y Diversidad del Plancton (GEBPlancton) es dirigido por la Dra. Pamela Hidalgo.
El Laboratorio de Paleoceanografía (PALEO) es dirigido por la Dra. Carina Lange.
El Laboratorio de Oceanografía Microbiana (LOM) es dirigido por el Dr. Osvaldo Ulloa.